Covid-19 : pour mieux traquer les variants, la France modifie sa stratégie de surveillance – Le Monde

Si les nouvelles sont bonnes sur le front de l’épidémie de Covid-19, toujours en régression, et sur celui de la vaccination, avec le seuil des 30 millions de premières injections franchi ce week-end en France, le nouveau variant B.1.617.2, baptisé « Delta » par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), vient troubler la sortie de crise. « On n’est pas sauvé, le risque est toujours là », a déclaré Daniel Lévy-Bruhl, responsable de l’unité des infections respiratoires de Santé publique France (SPF), vendredi 11 juin, décrivant une « situation instable » en France.

Selon les Britanniques, le variant Delta, dit « indien », est plus contagieux que le variant Alpha, dit « britannique », d’environ 60 %, mais est surtout responsable d’une remontée des infections au Royaume-Uni : elles ont triplé en trois semaines, atteignant près de 8 000 cas vendredi 11 juin. Il est aussi déjà présent en France et chez nos voisins frontaliers, Espagne, Allemagne, Belgique… Et il est sans doute responsable d’une légère remontée des cas au Portugal.

Pour mieux y faire face, SPF a décidé d’accélérer la mise en œuvre d’une nouvelle stratégie de surveillance des variants, l’un des points faibles du dispositif français.

A partir du lundi 14 juin, exit, dans les résultats des tests, la référence aux variants « anglais », « sud-africain » ou, respectivement, B.1.1.7, B.1.351, ou encore Alpha, Beta… Place aux trois mutations, E484K, E484Q, L452R. Ces « immatriculations » correspondent à la position des acides aminés, les molécules qui constituent les protéines, au sein de la porte d’entrée du virus chez l’hôte, le spicule. Les lettres font référence au nom de l’acide aminé modifié. Désormais, on saura si un virus est porteur de l’une de ces trois mutations par un test dit « de criblage », qui est un second test PCR pratiqué si le premier est positif. Ce criblage existait déjà, mais les réactifs chimiques sur lesquels il reposait, appelés « kits », servaient à repérer un variant plutôt qu’une mutation.

Accélérer la surveillance génomique de l’épidémie

Cette modification apporte plusieurs avantages. D’abord, elle corrige l’un des défauts du criblage antérieur, qui ne pouvait faire face à l’afflux de variants, trop nombreux pour pouvoir être saisis, avec cinq variants « préoccupants », et une dizaine « à suivre » ou en cours d’évaluation. D’ailleurs, la méthode pratiquée jusqu’alors ne différenciait pas un Beta d’un Gamma (le variant dit « brésilien »). Pire, dans le contexte actuel de l’émergence du Delta, la technique classait celui-ci dans « absence de variant », comme si c’était la souche chinoise d’origine du Covid-19. Porteur de la mutation L452R, ce dernier sera désormais mieux repéré. Au dernier pointage de SPF, pour la première semaine de juin, 19 % des cas ne relevaient ni d’Alpha, de Beta ou de Gamma.

Il vous reste 66.98% de cet article à lire. La suite est réservée aux abonnés.

Source