Analyser les eaux usées pour anticiper une seconde vague de Covid-19 – Le Monde

Tel un gigantesque container posé au milieu d’une friche, le laboratoire d’Eau de Paris, pourrait bien devenir la boussole de la ville dans la gestion de l’épidémie de Covid-19. Depuis le début du mois de mars, ses scientifiques traquent la présence du virus à l’origine de la maladie (le SARS-CoV-2) dans les eaux usées de la région. De grands flacons de plastique y sont transportés dans des glacières bleues. Les eaux troubles qu’ils contiennent ont été puisées à l’entrée des cinq stations d’épuration franciliennes et dans les égouts parisiens.

On y trouve les traces de tous les virus ayant infecté les habitants, rejetés lors de leur passage aux toilettes. Pour les quantifier, les scientifiques ont recours à une technique d’analyse par « RT-PCR », identique à celle pratiquée par les laboratoires d’analyses médicales lors d’un test virologique : elle consiste à repérer des gènes bien précis du virus et à les amplifier pour les rendre détectables. « Moins il y a de virus dans l’échantillon, plus l’opération prend de temps », explique le microbiologiste Laurent Moulin, responsable de la recherche et du développement au laboratoire, précisant que cette corrélation permet de quantifier le virus.

Méthode artisanale

A partir d’échantillons prélevés entre le 5 mars et le 23 avril, dans le cadre d’un projet baptisé « Obépine » (pour Observatoire épidémiologique dans les eaux usées), des chercheurs avaient montré une corrélation entre le niveau de virus dans les eaux usées et le nombre de cas de Covid-19. Les traces étaient ensuite devenues indétectables, avant de réapparaître fin juin. « C’est plutôt un bruit de fond. Ce n’est pas une courbe inquiétante », insiste Sébastien Wurtzer, virologue à Eau de Paris, en rappelant que lors des trois premières semaines d’analyse, les quantités détectées avaient été multipliées par cent.

Vêtu d’une blouse blanche intégrale, visage et mains protégés, ce scientifique guette chaque matin vers 11 h 30 la livraison du jour. Entre trente et soixante échantillons arrivent au laboratoire quotidiennement : de la région parisienne et d’autres sites en France. Un flacon a fait le voyage depuis l’Aisne, un autre depuis la Marne. « Les gens prennent conscience de l’intérêt de cette approche et nous sollicitent de plus en plus », souligne M. Wurtzer.

Quelques millilitres de ces eaux troubles sont prélevés dans chaque flacon et transvasés dans de fins tubes en plastique. « Un échantillon représente plusieurs centaines de milliers de personnes », explique-t-il. Il s’agit d’un indicateur avancé, dans la mesure où les personnes infectées peuvent être contagieuses avant l’apparition des symptômes, et excréter le virus pendant la période d’incubation de la maladie, qui est en moyenne de trois à cinq jours.

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