Covid-19. Ce que l’on sait des nouveaux sous-variants d’Omicron BA.4 et BA.5 – Ouest-France

Le nombre de contaminations au Covid-19 recule de jour en jour en France, indiquent les derniers chiffres de Santé publique France, lundi 2 mai 2022. Le dernier rebond épidémique a été causé, fin mars, par un sous-variant d’Omicron, le BA.2, qui représente 99 % des cas, l’agence nationale de santé publique.

Avec un période d’incubation plus courte, une contagiosité plus élevée et une capacité de réinfection plus grande, le sous-variant BA.2, également appelé sous-lignage, est aujourd’hui majoritaire en France. Avec ses cousins, BA.1 et BA.3, il fait donc l’objet d’une surveillance renforcée de la part des autorités de santé. Mais voilà que deux petits nouveaux viennent semer le trouble : BA.4 et BA.5

Des sous-variants venus d’Afrique du Sud

Ils ont fait leur apparition en Afrique du Sud. BA.4 a pointé le bout de sa protéine Spike mi-décembre 2021, tandis que BA.5 est émergé début janvier 2022. Le premier sous-lignage est apparu dans la province de Limpopo, située au nord-est de l’Afrique du Sud, le second a été détecté pour la première fois dans le Gauteng, la province nordique de la ville de Pretoria, selon les informations Centre of Epidemic Response and Innovation (CERI) de l’université Stellenbosch, citées par Le Monde.

Ces deux sous-variants sont responsables de l’explosion des cas en Afrique du Sud qui a actuellement un ratio de 6,3 nouveaux cas pour 100 000 habitants et un taux de positivité supérieur à 10% (16,9%). « La 5e vague est arrivée. Prenez soin de vous », a averti, fin avril, en Afrique du Sud le centre de recherche génomique dirigé par le virologue Tulio de Oliveira, devenu célèbre pour avoir repéré les variants Beta et Omicron. `

Jacob Lemieux, spécialiste des maladies infectieuses au Massachusetts General Hospital, a déclaré fin avril que ces sous-variants semblaient « provoquer une augmentation exponentielle des taux de positivité » et représentai ent déjà « plus de 50 % des cas », rapporte The Harvard Gazette.

Variants « d’intérêt » détectés dans une vingtaine de pays

Botswana, Australie, Chine, Angleterre, Danemark, France… BA.4 et BA.5 ont été détectés dans une vingtaine de pays à travers le monde. Au 21 avril 2022, un cas de BA.4 et deux cas de BA.5 avaient été identifiés dans l’hexagone selon Santé Publique France.

Le 28 avril dernier, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a classé ces deux souches en « variant à suivre ». De son côté, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) les a aussi placé dans la catégorie des « variants d’intérêt » (VOI).

Des mutations associées à la transmissibilité et à la résistance aux vaccins

Selon Santé Publique France (SPF), ces deux sous-lignages sont « assez similaires à BA.2 mais leur protéine Spike possède en plus les mutations L452R, F486V et R493Q ». L’agence signale que l’une de ces mutations a « attiré l’attention de l’ECDC ».

Il s’agit de la mutation L452R, portée ces deux sous-variants, qui est décrite comme l’un « des facteurs associés à la transmissibilité importante du VOC Delta ». Le variant très contagieux variant Delta représentait 100 % des cas en France à l’automne 2021. Cette mutation est « associée à une plus grande affinité du virus avec le récepteur ACE2 qui permet au virus d’infecter les cellules humaines », explique le professeur Antoine Flahault, dans un entretien publié sur le site de La Dépêche. L’épidémiologiste estime que ces sous-variants peuvent donc être « plus transmissibles » mais pas nécessairement plus dangereux.

Une autre mutation pose question. La F486 est « impliquée dans un phénomène d’échappement immunitaire » révèle Radio France internationale (RFI) sur son site. Une caractéristique confirmée par Antoine Flahault qui affirme que cette mutation est responsable d’ « une réduction de la neutralisation des anticorps ». Selon lui, elle pourrait donc « jouer un rôle important dans l’échappement vaccina. C’est-à-dire que l’efficacité vaccinale est susceptible de diminuer ».

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